INICIOS
Comenzó en las inferiores de Deportivo Maipú, de la Provincia de Mendoza, Argentina. Debutó en primera del Deportivo Maipú el día 8 de septiembre de 2002 con 16 años, en la Liga Mendocina de Fútbol. Tuvo varios encuentros en su club de origen hasta que fue transferido a Godoy Cruz, donde jugó en los equipos inferiores hasta que posteriormente y por su proyección fue integrante en el primer equipo. Con Godoy Cruz disputó por primera vez el campeonato profesional de la Asociación de Fútbol Argentino, y fue titular la mayoría de los partidos.
ESTUDIANTES DE LA PLATA
Después de su actuación en ese club, Estudiantes de la Plata lo fichó para formar parte de su equipo a partir del segundo semestre de 2007. En dicho equipo fue finalista de la Copa Sudamericana 2008 y campeón de la Copa Libertadores 2009.
Seis meses más tarde el conjunto “Pincha” fue a jugar la Copa Mundial de Clubes 2009 en Abu Dhabi. En la semifinal ante el Pohang Steelers, Enzo Pérez dio una asistencia a Leandro Benítez para marcar el segundo gol, partido que finalmente fue victoria de Estudiantes de La Plata por 2-1. En la final ante FC Barcelona, su equipo estuvo en ventaja hasta el minuto 88, donde le igualaron el encuentro, y se lo darían vuelta en el tiempo suplementario.
Después de esa temporada con Estudiantes de La Plata, su pase fue comprado por SL Benfica, participando un semestre en Primera División de Portugal, y regresando a préstamo por cinco meses a Estudiantes de Argentina, a partir de febrero de 2010.
SL BENFICA
En la temporada 2012-13 desde su vuelta a Portugal arrancaría en el banco los primeros partidos ingresando en los segundos tiempos, Pérez pasó a convertirse en mediocampista central, asociándose con Nemanja Matić, y asumiendo un rol central comandando el equipo. Pero en el mercado de pases del 2013 se sabría que Nemanja Matić abandonaría el club para jugar en Inglaterra su influencia creció tras la partida de su compañero ya como titular inamovible del equipo.
Siendo parte vital de la campaña por el título de la Liga de Portugal, Copa de la Liga y la Copa de Portugal de ese manera ganó todo lo posible en Portugal y la segunda final de la Europa League consecutiva en lo que sería derrota del club a manos del Sevilla FC, aunque él no estuvo presente ya que debía cumplir una fecha de suspensión por acumulación de tarjetas amarillas. Su performance como pilar del equipo atrajo el interés de otros clubes muy importantes de Europa y Jorge Jesús nombró a Pérez el jugador más difícil de reemplazar y el cerebro del equipo.2
El 6 de julio de 2014, ganó el premio al Mejor Jugador del Año con el SL Benfica por su rendimiento. Tras la llegada del magnate singapurense Peter Lim al Valencia CF, Pérez sonó con mucha fuerza para incorporarse a la plantilla ché dirigida por el portugués Nuno Espírito Santo. En el verano de 2014, SL Benfica y Valencia CF llegaron a un principio de acuerdo para el traspaso de Enzo, pero el presidente de la entidad lusa, Luís Filipe Vieira, rechazó tal preacuerdo y pasó a solicitar el pago íntegro de su cláusula y mantuvo el suspense del traspaso del futbolista al club de la capital del Turia hasta el último día del mercado estival de fichajes, sin llegarse a un acuerdo. Por este motivo el futbolista siguió jugando con el SL Benfica la temporada 2014/15.
VALENCIA CF
El Valencia CF volvió a abrir las negociaciones por el jugador para el mercado invernal pero el club “che” no era el único equipo interesado ya que el Manchester United también hizo una importante oferta. Finalmente el 29 de diciembre de 2014, tras varias jornadas de especulaciones y rumores, el Valencia CF confirmó en su página oficial la contratación del mediocampista argentino. Llega al club español para jugar la segunda mitad de la temporada 2014/15, con las aspiraciones valencianistas a regresar a competir en la UEFA Champions League.
El 4 de enero de 2015 hizo su debut con el equipo, además como titular por la baja del mediocentro defensivo Javi Fuego, tras menos de una semana de entrenamientos, en la victoria del Valencia CF por 2-1 frente al Real Madrid en Mestalla, Su debut seria de la mejor manera jugando un partido a un nivel muy bueno defendiendo, recuperando pelotas, pasando al ataque y tirando algunos lujos. Se hizo inmediatamente con un puesto en el once titular de Nuno Espírito Santo, pero una inoportuna lesión le dejó fuera del equipo durante cinco encuentros consecutivos. Luego regresó y tuvo minutos para completar la gran campaña 2014/15 que hizo el equipo clasificando para Liga de Campeones.
La temporada 2015/16 arrancó de forma muy irregular, con extrañas decisiones del técnico Nuno, que terminó siendo destituido a los pocos meses, y con varios problemas físicos que impidieron a Enzo disponer de continuidad durante la temporada. Llegó a perderse hasta 16 encuentros por problemas físicos, lo cual hizo al club plantearse su continuidad en 2016, e incluso se valoró como posible descarte del técnico Pako Ayestaran, pero a pesar de ello, no solo siguió sino que pasó a ser primer capitán del equipo en la campaña 2016/17, pero colectivamente no fue una buena temporada.
RIVER PLATE
El 29 de junio de 2017 se hizo oficial su traspaso a River Plate, cumpliendo así un sueño del futbolista y rechazando salir a cualquier otro club. Ni bien Enzo Pérez llegó a River Plate, le costaron los primeros partidos por una cuestión de adaptación, luego le ganó el lugar a Ariel Rojas. Debutó en los octavos de final de Copa Libertadores vs Guaraní en el Monumental.
Finalmente logró un gran nivel en el equipo dirigido por Marcelo Gallardo, siendo protagonista de las finales de la Supercopa Argentina 2018 y la Copa Libertadores de América 2018, ambas ganadas ante el archirrival Boca Juniors. Además consiguió con River 2 Copas Argentinas, una Recopa Sudamericana y otra Supercopa Argentina. En enero de 2021 Pérez rechazó un contrato imposible de igualar por River en época de Pandemia ofrecido por el Trabzonspor de Turquía, para seguir jugando en el club del que es hincha.
En mayo de 2021 se dio una situación particular, en la que todos los arqueros convocados para la Copa Libertadores fueron afectados por COVID-19, con lo cual el puesto quedó vacante. Para el encuentro contra Independiente Santa Fe, Enzo Pérez asumió el riesgo de participar como arquero incluso arrastrando una distensión en el isquiotibial derecho, y arriesgándose a empeorar la lesión. Eso le ganó la admiración de sus compañeros, de la afición y de la dirigencia, como por ejemplo el director de arqueros Ubaldo Matildo Fillol (uno de los máximos ídolos riverplatenses), quien expresó: “Le deseo la mejor suerte del mundo. Aparte él está sabiendo la inmensidad de ese arco, la historia de ese arco y ojalá que lo pueda honrar como lo honró Leo Díaz el domingo pasado”. Finalmente, River venció a Santa Fe por 2 a 1.
Enzo Pérez remarcó en diversas oportunidades su simpatía y la de su familia por River, tal es así que su padre le puso el nombre de su ídolo Enzo Francescoli.
SELECCIÓN NACIONAL
En la Selección Argentina ha disputado 23 partidos. Convirtió un tanto. Debutó en la albiceleste en el año 2009. De la mano de Alejandro Sabella fue a la Copa Mundial de Fútbol de 2014 en Brasil, jugando 2 partidos de titular: la semifinal contra Holanda, y la final contra Alemania. La Selección Argentina terminó perdiendo contra la Selección de Alemania 1 a 0 con gol de Mario Gotze. Su país obtuvo el subcampeonato del mundo y el tercer segundo puesto en la historia de la Selección.
Participó en el último partido de las Eliminatorias para el Mundial de Rusia 2018, donde tuvo una buena actuación, ayudando así a que la Argentina derrote a Ecuador por 3-1, con tres tantos de Lionel Messi. Esto le valió la clasificación al Mundial de Rusia 2018 al seleccionado nacional.
Disputó la Copa Mundial de Fútbol de 2018 con la Selección Argentina y fue titular en el partido de octavos de final en el que fueron eliminados tras perder 4 a 3 contra Francia.20
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