Enzo debutó en la selección argentina un 30 de septiembre de 2009, con el tiempo participaría de dos mundiales, cumpliendo así su sueño de vestir la camiseta de la albiceleste.
Enzo Nicolás Pérez ha jugado 26 partidos con el Seleccionado Argentino de Fútbol, sumando amistosos, mundiales y eliminatorias. Su primer y único gol lo convirtió en un amistoso contra Paraguay, Sergio Batista era el técnico del seleccionado y el volante mendocino anotó el 4 a 2 a favor de la albiceleste. La dorsal que utilizó en el encuentro fue la número 10.
Con respecto a su debut, se llevo a cabo frente a Ghana dónde jugó 46 minutos. Argentina ganó ese encuentro por 2 a 0 y el DT de la selección era Diego Armando Maradona.
Con la llegada de Alejandro Sabella cómo DT de la selección fue a la Copa Mundial de Fútbol 2014 en Brasil, allí jugó 2 partidos de titular (la semifinal vs Holanda y la final contra Alemania).
En el Mundial Rusia 2018 fue titular en el partido de octavos de final en el que fueron eliminados contra Francia por 4 a 3.
En eliminatorias disputó 8 encuentros:
- 11/10/2009: Argentina 2 – Perú 1. DT: Diego Maradona
- 12/09/2012: Perú 1 – Argentina 1. DT: Alejandro Sabella
- 17/11/2015: Colombia 0 – Argentina 1. DT: Gerardo Martino
- 11/11/2016: Brasil 3 – Argentina 0. DT: Edgardo Bauza
- 16/11/2016: Argentina 3 – Colombia 0. DT: Edgardo Bauza
- 28/03/2017: Bolivia 2 – Argentina 0. DT: Edgardo Bauza
- 06/10/2017: Argentina 0 – Perú 0. DT: Jorge Sampaoli
- 11/10/2017: Ecuador 1 – Argentina 3. DT: Jorge Sampaoli
